Свято-Никольский женский монастырь был основан в 1764 году сначала как старообрядческий мужской скит выходцем из Польши священноиноком Пахомием. Монастырь располагался в живописном месте, в излучине реки Иргиз . Указом Саратовской духовной консистории от 6 февраля 1837 года скит был обращен в единоверие  и преобразован в Свято-Никольский мужской общежительный монастырь, а 31 августа 1843 года был преобразован в  женский и передан в управление инокине Евфросинии (Ереминой), Ставшей его первой настоятельницей.

В монастыре имелись 2 церкви: Свято-Никольская и  Покровская. В 1886 году Свято-Никольская церковь была перестроена, а 31 мая 1887 года освящена. В 1917 году монастырь был  закрыт. С февраля 1918 года все постройки были отданы коммуне, которая получила название «Международная Организация Помощи Революции» МОПР.
 
Свято-Никольский храм был переоборудован под зернохранилище, затем в храме был размещен клуб. В 1929 году храм Покрова Пресвятой Богородицы Был разобран. В 1930 году на территории обители и во всех уцелевших помещениях расположилась колхозная бригада.   Восстановление монастыря началось в 1997 году силами прихожан города Пугачева и Балаково. 28 декабря 2000 года постановлением Священного Синода, Русской Православной Церкви общине присваивается статус  монастыря.
 
В 1997 году началось восстановление Свято-Никольского храма в п. Мопр (ныне пос. Монастырский). 26 ноября 1998 года был зарегистрирован приход во имя святителя Николая Чудотворца, при котором образовалось сестричество. По решению Святейшего Патриарха и Священного Синода Русской Православной Церкви 28 декабря 2000 года при храме во имя святителя Николая Чудотворца поселка Мопр Пугачевского района Саратовской области был учрежден Свято-Никольский женский монастырь. Настоятельницей монастыря определена, по представлению правящего Архиерея, приснопамятного архиепископа Александра (Тимофеева; †2003), монахиня СЕВАСТИАНА (ВЛАСОВА).
 
13 октября  2008 года жители поселка МОПР приняли решение о переименовании своего населенного пункта в поселок Монастырский.

20 сентября 2008 года Епископ Саратовский и Вольский Лонгин совершил Чин освящения и первую Божественную литургию в востановленном храме во имя святителя Николая Чудотворца в Свято-Никольском женском монастыре  поселка Мопр ( ныне Монастырский)  Пугачевского района.

С августа 2013 года в обители начали строить новый храм-часовню.

22 ноября 2014 года Епископ Покровский и Николаевский Пахомий совершил Великое освящение храма-часовни в честь Покрова Божией Матери Свято-Никольского женского монастыря п. Монастырский Пугачевского района.

28 октября 2016 года  наметсник Московского Сретенского ставропигиального мужского монастыря  Епископ Егорьевский Тихон (Шевкунов) передал в дар обители ковчег с частицей мощей святителя и Чудотворца Николая. 

В 2019 году проведены ремонтные работы по восстановлению заброшенного колодца - кирпичная кладка на колодезной часовне, устройство крыши с куполом и крестом, благоустройство территории у возведённого колодца.

Решением Священного Синода (Журнал №53 от 17 июня 2021 г.) монахиня Виринея (Букатова) назначена игуменьей Свято-Никольского женского монастыря поселка Монастырский Пугачевского района. 4 июля во время Божественной литургии епископ Покровский и Николаевский Пахомий совершил над настоятельницей обители чин поставления в игуменьи.

24 марта 2022 года решением Священного Синода была образована Балаковская епархия путем выделения из Покровской епархии с кафедральным собором в городе Балаково и вторым кафедральным центром в городе Пугачёв, именовавшемся до 1918 года Николаевск. 

24 марта 2022 года Балаковская епархия была включена в состав Саратовской митрополии. Епископом Балаковским и Николаевским назначен клирик Саратовской епархии игумен Варфоломей (Денисов).